【第二階段】(107年5月7日起)
開放大客車行駛，施行3~6個月後，公路總局視通車狀況進行評估，交通部核定後，才會開放非管制大貨車通行。

【第三階段】(尚未開放)
開放大貨車通行。於蘇澳、東澳、南澳、和平及和中、和仁等處設置地磅站及管制站，大貨車進入隧道前需至地磅站受檢，違規車輛由驅離車道駛離；合格車輛則由引道匯入主線大貨車專用道(地磅站至長隧道入口間)。大貨車專用道於隧道口前設置匝道儀控，管制大貨車流量及間距(兩大貨車間需間隔一台小客車)